Organize Sanayi Bölgelerinde faaliyette bulunan gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerine yönelik teşviklere 5084 sayılı Yatırımların ve İstihdamın Teşviki Kanununda yer verilmiştir. Bu bölgelerde faaliyette bulunan mükelleflere gelir vergisi stopajı teşviki, sigorta primi işveren hissesi teşviki, bedelsiz yatırım yeri tahsisi ve enerji desteği sağlanmaktadır.
1.Gelir Vergisi Stopajı Teşviki
(5084 s. Kanun m.3, m. 7/h, 1 ve 2 Seri No.lu Yatırımların ve İstihdamın Teşviki Genel Tebliğleri)
2.Sigorta Primi İşveren Paylarında Teşvik
( 5084 s. Kanun m.4, m. 7/h,)
3.Bedelsiz Yatırım Yeri Tahsisi
(5084 s. Kanun m.5)
4.Enerji Desteği
(5084 s. Kanun m.6, (m.7/h))
Ayrıca, Organize Sanayi Bölgesi tüzel kişiliği, 4562 sayılı Organize Sanayi Bölgeleri Kanununun uygulanması ile ilgili işlemlerde her türlü vergi, resim ve harçtan muaftır.
Atıksu arıtma tesisi işleten bölgelerden belediyelerce atıksu bedeli alınmaz.
(4562 s. Kanun m. 21)
Organize sanayi bölgeleri kurulması amacıyla oluşturulan iktisadi işletmelerin arsa ve işyeri teslimleri katma değer vergisinden istisnadır. (KDVK m. 17/4-k)
Organize sanayi bölgeleri ile küçük sanayi sitelerinin alt yapılarını hazırlamak ve buralarda faaliyette bulunanların arsa, elektrik, gaz, buhar ve su gibi ortak ihtiyaçlarını karşılamak amacıyla, kamu kurumları ve kamu kurumu niteliğindeki meslek kuruluşları ile gerçek ve tüzel kişilerce birlikte oluşturulan ve kazancının tamamını bu yerlerin ortak ihtiyaçlarının karşılanmasında kullanan iktisadi işletmeler kurumlar vergisinden muaftır. (KVK m.7/25)
Organize sanayi bölgelerindeki binalar, inşalarının sona erdiği tarihi takip eden bütçe yılından itibaren 5 yıl süreyle emlak vergisi muafiyetinden faydalanırlar. (EVK md. 5/f)
Organize sanayi, endüstri veya teknoloji geliştirme bölgelerinde yer alan gayrimenkullerin ifraz veya taksim veya birleştirme işlemleri harçtan müstesnadır. (HK. m. 59/n)